La gestion d'une absence maladie d'un agent territorial est une procédure récurrente mais jalonnée de délais stricts et de formalités multiples. Un oubli — notamment la déclaration à l'assurance statutaire — peut coûter cher à la commune. Ce guide vous donne toutes les étapes dans l'ordre.
1. Cadre juridique
Le congé maladie ordinaire (CMO) des agents territoriaux est régi par l'article 57-2° de la loi n°84-53 du 26 janvier 1984 (Statut de la FPT). Il s'applique aux fonctionnaires titulaires. Pour les agents contractuels, le régime est fixé par le décret n°88-145 du 15 février 1988 (art. 12).
Le régime du CMO a changé : le plein traitement (100 % pendant 3 mois) n'existe plus. Nouveau régime : 1 jour de carence en début de chaque arrêt, puis maintien à 90 % du traitement brut. Le calcul se fait sur une année glissante : on compte les jours d'arrêt des 365 jours précédant la date de l'arrêt en cours — pas sur l'année civile.
- Durée maximale CMO : jusqu'à 12 mois sur une période glissante de 12 mois (365 jours en arrière). Après épuisement des droits CMO, passage possible en CLM (voir §7).
- Rémunération : 0 % le 1er jour (carence), puis 90 % du traitement brut (hors primes, sauf si le contrat d'assurance les garantit).
- Contrôle médical : la commune peut demander une contre-visite à tout moment.
- Agents CNRACL : affiliés si fonctionnaire à ≥ 28 h/semaine. Les autres relèvent de l'IRCANTEC.
2. Réception du certificat médical
L'agent a l'obligation de faire parvenir son certificat médical à l'autorité territoriale dans les 48 heures suivant l'arrêt de travail. Ce délai court à compter du premier jour d'absence.
Envoyez-lui immédiatement une mise en demeure par courrier recommandé avec AR lui rappelant son obligation. Sans justificatif, vous pouvez procéder à une retenue sur traitement (absence de service fait) et, si nécessaire, engager une procédure disciplinaire.
Que vérifier sur le certificat ?
- Nom et cachet du médecin prescripteur
- Durée de l'arrêt (dates précises)
- Mention de la nature de la maladie (non obligatoire sur le volet envoyé à l'employeur, mais le volet « médecin » doit être distinct)
3. L'arrêté de congé maladie ordinaire
Dès réception du certificat médical, le maire doit prendre un arrêté individuel plaçant l'agent en CMO. Cet acte est obligatoire — il matérialise la décision administrative et ouvre les droits de l'agent.
Mentions obligatoires de l'arrêté
- Identité et grade de l'agent
- Fondement juridique : « Vu l'article 57-2° de la loi n°84-53 du 26 janvier 1984 »
- Période exacte du congé (du … au …)
- Maintien du traitement : 0 % le 1er jour (carence), 90 % du traitement brut à partir du 2e jour
- Date et signature du maire
L'arrêté doit être notifié à l'agent (courrier recommandé ou remise en main propre contre décharge) et transmis à la trésorerie pour justification du maintien du traitement.
4. Déclaration à l'assurance statutaire
Un dépassement de ce délai peut entraîner un refus de prise en charge des indemnités journalières par l'assureur, laissant la commune supporter seule le coût du maintien de traitement.
La commune doit déclarer l'arrêt de travail auprès de son assureur statutaire (MNT, CNP Assurances, Sofaxis, Relyens / SMACL, etc.) selon les modalités du contrat souscrit.
Documents à transmettre généralement :
- Formulaire de déclaration de sinistre de l'assureur
- Copie du certificat médical
- Copie de l'arrêté de placement en CMO
- Fiche de paie du mois précédent
Conservez l'accusé de réception ou la confirmation de déclaration.
5. DSN et gestion de la paie
DSN événementielle (si arrêt > 3 jours)
Si l'arrêt de travail est supérieur à 3 jours, une DSN événementielle doit être transmise via Net-Entreprises dans les 5 jours ouvrés suivant le début de l'arrêt. Elle signale l'arrêt de travail (flux S21.G00.65) et permet à la CPAM/CNRACL de gérer les indemnités journalières (IJ).
DSN mensuelle
L'arrêt doit être intégré dans la DSN mensuelle (avant le 5 du mois suivant). Vérifiez que le logiciel de paie applique correctement :
- Le maintien de traitement (total ou partiel)
- La retenue de la quote-part salariale de cotisations pendant l'absence
- La subrogation éventuelle (reversement des IJ à la commune)
Consultez votre CDG ou le prestataire de paie si un doute subsiste sur la saisie.
6. Suivi pendant l'arrêt et procédure de reprise
Prolongations
Chaque prolongation d'arrêt doit être transmise dans les 48 h et donner lieu à un nouvel arrêté (ou un avenant si le format le permet). La déclaration à l'assureur doit également être renouvelée selon son contrat.
Contre-visite médicale
Le maire peut diligenter une contre-visite médicale à tout moment auprès d'un médecin agréé. Si l'agent est reconnu apte, il peut être rappelé au service. En cas de refus de visite, la rémunération peut être suspendue.
Reprise du travail
- Visite médicale de reprise obligatoire si l'absence dépasse 30 jours — auprès du médecin du travail / médecin de prévention, avant ou le jour de la reprise.
- Arrêté de réintégration à prendre le jour de la reprise effective.
- Informer l'assureur de la date de reprise pour clôture du dossier sinistre.
- Clôturer le signalement dans la DSN mensuelle.
7. Au-delà du CMO : la longue maladie (CLM)
Après 3 mois consécutifs de CMO (ou 6 mois sur une période de 12 mois consécutifs), si l'état de santé de l'agent l'exige, un placement en Congé de Longue Maladie (CLM) peut être sollicité ou proposé. Cette procédure nécessite la saisine du Comité médical (ou Conseil médical depuis la réforme de 2022) auprès du CDG.
- CLM : jusqu'à 3 ans — les conditions de rémunération du CLM peuvent différer du CMO ; vérifier avec votre CDG les taux applicables après la réforme 2025.
- CLD (longue durée) : jusqu'à 5 ans pour certaines affections
Contactez votre CDG dès que l'absence approche des 3 mois pour anticiper la procédure.
8. Checklist récapitulative
PVMairie propose un outil de checklist interactive pour suivre ces étapes dossier par dossier, avec barre de progression et notes. Accéder à la checklist RH →
| Étape | Délai | Responsable |
|---|---|---|
| Recevoir le certificat médical | 48 h à compter de l'arrêt (obligation de l'agent) | Secrétaire / Maire |
| Prendre l'arrêté de CMO | Dès réception du certificat | Maire |
| Notifier l'agent | Sous 5 jours ouvrés | Secrétaire |
| Déclarer à l'assureur statutaire | 5 jours ouvrés (délai critique) | Secrétaire |
| DSN événementielle | 5 jours ouvrés si arrêt > 3 j | Secrétaire / Paie |
| DSN mensuelle | Avant le 5 du mois M+1 | Secrétaire / Paie |
| Visite médicale de reprise | Avant ou le jour de la reprise si > 30 j | Maire (organisation) |
| Arrêté de réintégration | Le jour de la reprise | Maire |
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Sources officielles
Cet article s'appuie sur les textes en vigueur. Vérifiez toujours la version consolidée sur Légifrance :
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